理論上，潔凈室(區)應設置值班風機，在不使用的時候也進行空氣凈化，使潔凈室(區)對外界保持一定正壓，防止外界未凈化的空氣倒灌。但實際上在實驗室做這樣的配置比較困難，故制訂并嚴格執行周期消毒尤為重要。

可采用臭氧消毒、化學藥劑熏蒸、紫外線照射、消毒液噴灑等方法。但無論哪種消毒方式，都存在一定耐藥性，因此消毒劑品種應定期更換，且至少要同時考慮兩種消毒方式。目前臭氧消毒因具有廣譜、高效、操作方便、使用經濟、無殘留、不會造成二次污染等特點，被廣泛用于潔凈實驗室、空調系統的消毒。尤其臭氧發生器多安裝于空調凈化系統的初效過濾器和中效過濾器之間，可以對送風和回風的管道系統同時消毒，不留死角，這是其他消毒方式所無法比擬的。

一般而言，在本次使用結束后、下次使用之前，均應用消毒液對潔凈室(區)的內表面進行擦拭消毒。另外，在使用期間，應每周使用臭氧消毒2～3次。如果長期擱置不用，在使用前應將消毒液擦拭和臭氧消毒結合使用。